旱灾之后，还出现了传染病，如万历八年（公元1580年），山西大同“传染病大作，十室九空”，这一年，山西省的太谷县、忻州、保德州等地也发生了传染病，万历年间的传染病，在河南、河北等地皆有，到了崇祯年间，华北地区的传染病又进入了一个高发期，并且与万历年间相比较，其发生的范围扩大了，陕西、山东等地也发生了传染病，这些传染病，大多数其实是鼠疫。
为什么连年的干旱，容易出现鼠疫呢？主要原因有三点：第一，旱灾期间，人们经常处于饥饿的状态，身体抵抗力下降，容易受到鼠疫的袭击；第二，每当干旱之年，由于降雨量减少，鼠洞中的温度也会升，细菌容易在老鼠身滋生，干旱会出现粮食作物匮乏的现象，老鼠为了寻找食物，就会向很远的地方迁徙，当它们的活动范围扩展之后，也就增加了鼠疫流行的机会，比如有可能把病菌传染给家鼠，家鼠再传染给人类；第三，灾荒之年，老鼠有在鼠洞中存储粮食的习惯，人类在缺乏食物的情况下，会主动寻找鼠洞，从鼠洞中取出粮食，这就增加了人类与老鼠接触的机会，此外，在极端情况下，人类还会把鼠肉当食物来充饥，这样一来，更增加了感染鼠疫的机会。
旱灾、蝗灾、传染病的流行，不仅会使人口减少，而会出现流民，流民通过逃荒、迁徙的方式来寻求生存，而“流民”聚集之地，往往会出现“乱民”，人们为了填饱肚子，会铤而走险，由此引发农民起义。
明末清初的李自成、张献忠率领的农民起义，皆是由灾荒而引起的。
寒冷的天气，会影响华北和江南地区的种植业，同样也会影响东北地区的畜牧业，东北地区的农业对热量的要求比较高，进入到明朝中期以后，东北北部地区的耕地与宋元时期相比，出现了明显的衰退，这是因为小冰期的到来，导致热量不足的结果，那么，这样一来，东北北部地区的少数民族会选择往南迁徙，明代女真族有不断向南迁徙的趋势即与当时寒冷的气候有关。东北地区的游猎民族向南迁徙，建立政权，就会不可避免的与明朝朝廷发生冲突，这是明清战争发生的气候背景。
旱灾、蝗灾、传染病的流行，再加李自成、张献忠等人的农民起义、明朝与后清（清）之间发生的战争，使得明末清初的人口锐减，明朝人口在万历年间达到了2亿，万历以后，人口呈现出下降的趋势，到了清朝顺治年间，天朝的人口可能不到1亿，损失了至少4000万人口，有的学者甚至认为，明末清初，天朝损失了约40%的人口，直到康熙年间，人口才突破1亿，到了乾隆年间，人口增长到2亿，乾隆、嘉庆年间，是清朝人口的快速增长期，至道光三十年（公元1850年），天朝的人口已经超过4亿了。
也就是说在明朝万历年间至清朝乾隆初年的将近200多年的时间里，天朝的人口并未明显增长，而到了乾隆初年至道光年间，不到100年的时间，人口一下子从2亿增长到4亿。
如果没有明清小冰期的自然灾害对社会经济的冲击，也许在崇祯年间，天朝的人口就达到了3亿至4亿，明清小冰期的到来，使得人口增长到4亿的时间，推迟了100至200年的时间。
明清小冰期在康乾盛世并未结束，还持续到了道光年间，至光绪年间，全球气温才逐渐升，当然，19世纪中后期出现全球气候变暖的现象，到底是因为工业革命的到来导致二氧化碳排放的增加，还是明清小冰期结束而自然升温的结果呢？这在学术界是有争议的，但不管怎么样，19世纪中后期至20世纪初，全球气温确实在升高，明清小冰期在1900年才真正结束。
当然，明清小冰期的到来，不仅影响了天朝的人口增长，也影响了欧洲的人口增长，公元10世纪到14世纪，欧洲有一个“中世纪温暖期”，公元1340年，欧洲的人口约达到了7000万，随后出现了黑死病、小冰期，影响了人口的增长，直到公元1750年，欧洲的人口才达到1.6亿，而从1850年至1900年的短短50年时间内，欧洲人口就从2亿多增长到4亿多。
那么，究竟是什么原因，导致明清小冰期的出现呢？这在学术界仍然是个谜，有多种说法，比较著名的解释主要有两个，第一个解释与印第安人有关，在新航路开辟之前，印第安人在美洲经常烧荒，从事烧垦农业，森林被燃烧之后，有大量的二氧化碳被释放到空气中，增加了温室效应，公元1500年之后，欧洲人开始来到美洲大陆殖民，并把天花、麻疹等病毒带到了美洲，在公元1500年至1800年之间，有大量的印第安人遭到欧洲殖民者的屠杀，同时，也有大量的印第安人感染天花、麻疹等病毒而死亡，美洲土著居民大量死亡之后，整个美洲大陆烧垦农业的规模也大大减小了，大量的耕地重新被森林覆盖，森林吸走了二氧化碳，释放出了更多的氧气，于是原来由烧垦农业而引起的温室效应就不复存在了，这样一来，就引起了气候的连锁反应，致使全球气温出现了下降的现象。
但是这些事怎么才可以给皮岛那些人说清楚呢？
白绮丽对着秦四娘问：“这两年是不是天气比以往冷，并且大明多地有旱灾出现！”
秦四娘答道：“是呀，这两年也不知道怎么了，天气是比以前冷很多，据说鲁东那边，还有豫南那边也常有旱灾。”
白绮丽接着说：“那么粮食一定会不够吃，我们还有块地方叫澎湖岛，那里可以种粮，但我们人不够！”