很快，石井四郎带领倭兵在冰城展开惨绝人寰的屠杀，为其清理出一片无人区，设立细菌研究所，建立石井部队，又称加茂部队。此外，这支臭名昭着的细菌部队还常冠名为“东乡部队”之名，这是因为石井四郎十分崇拜在日俄战争中的东乡平八郎，而且他本人采用的别名也叫“东乡大尉”，细菌部队基地里的宿舍区称“东乡村”。后来倭国为给军国主义招魂，表彰他们对天皇的忠诚，建立了“东乡神厕”。

石井部队以日军医院为掩护，进行秘密的细菌研究活动。研究所的大铁门经常关闭，由荷枪实弹的倭兵二十四小时把守。里边矗立一座二层的小黄楼，出入的都是一些倭国军人和穿白大褂的倭人。

这个地方既像是工厂，又像是医院。对外称“关东军防疫给水部”，加上这里确实生产滤水器这个半公开的事实，为他们在里面施行的罪恶勾当，掩人耳目。

后来，关东军又强占距冰城约二十公里的平房地区，圈定方圆六平方公里范围，营建细菌部队的设施。

这一切都是在严格的保密条件下完成的，石井四郎招募了四个倭国建设株式会社，整整过了两年才建设完成。在整个施工过程中，成百上千的中国劳工死于非命，就算有幸生还的人，也在建设完成之后，被丧心病狂的倭兵集体枪杀。

关东军防疫给水部，建有各类建筑七十六栋，其中包括四个细菌研究中心的“四方楼”，占地一万五千平方米，各种细菌研究室、可供全年使用的冻伤实验室、监狱、解剖室等，此外还有处理人体和动物尸骸的三个焚尸炉。

几年之后，石井四郎晋升为大佐。接着倭国关东军司令部发布了第1539号命令，确定了关东军防疫给水部为“特别军事区”。石井部队的规模远远超过了纳粹法西斯“波兹南细菌研究院”，是世界上最大的杀人工厂。

石井四郎苦心研究的细菌武器很快就派上了用场，在他的亲自带领下，在中华大地上投撒了无数伤寒、霍乱、鼠疫等病菌，不计其数的中国军民因此死于非命。

二战后期，倭国在太平洋战场节节败退，在中华大地上举步维艰，虽还在负隅顽抗，但已大厦将倾，回天乏术。

石井四郎担心防疫给水部队的罪恶研究大白于天下，在撤离前命令属下销毁所有证据，威胁自己的部下剖腹以谢天皇，其实就是害怕他们说出真相。别看石井四郎这厮对别人的性命不当回事，但对自己的小命却格外珍惜，说白了也就是贪生怕死，这样的人怎么可能有胆子拿刀往自己肚皮上扎。在他逼迫自己的手下剖腹之后，自己则带着所有研究成果，坐着飞机跑回了倭国。

当然，在他逃离东北的时候，把所有供实验用的被关押的人全部杀死，还意图把防疫给水部的建筑和设施夷为平地，将所有证据销毁。没想到基地规模巨大，加上设施过于坚固，很多建筑都没有彻底摧毁，甚至有两根烟囱依然矗立。

石井四郎回到倭国，但不敢在东京久留，匆忙回到老家千叶县躲藏，这厮为了逃避罪责，沦为战犯，居然给自己建了一座坟墓，意图用假死混淆视听，瞒天过海。

可惜很快被花旗国情报人员逮捕，押回东京。