虽然抗联的行动很迅速，可是暴乱分子的行动也不慢，抓也只是抓了一小部分而已，该来的最终还是要来。一九四六年二月三号凌晨，大年初一，天色未明，通化城里一片祥和，结束了十四年亡国奴生活的山城人民在喜悦中企盼光复后第一个春节黎明的到来，老百姓们不知道一场风暴正在进行迫近。

当通化火车站的时钟敲响四下时，全市电灯突然闪灭两次，而后全城一片黑暗，接着位于市区中心的玉皇山上烧起三堆冲天大火，城区不同方向也响起三声长音哨响，顿时喊声响起，枪声大作，数万名日本关东军武装暴乱开始了。

暴乱匪徒们手持机枪、步枪，挥舞战刀在武士道精神和复仇心理的支配下，嘶叫着分数路向市内行政公署大楼、通化支队司令部、公安局、电话局、飞机场等重要目标发起疯狂的冲锋，妄图一举消灭东北民主联军，重占通化。

早已经准备好的抗联干部自卫队五百余人坚守阵地，英勇抗击着十几倍的武装暴徒。只可惜众寡相差太悬殊，渐渐就坚持不住了，敌人一次又一次地冲锋，抗联战士一排又一排地倒下。在行政大楼战场，经过几次的外围阵地丢失之后，都又重新夺了回来，可牺牲的代价是非常大的。敌人太多了，就即使是白刃战，也有反冲锋，根本无法延缓敌人的进攻，最后，外围阵地还是失去了。

抗联战士退进了行政大楼里，一楼也很快失守，战士们在二楼设置了多个手榴弹之后，退到了三楼和楼顶，这时，弹药也快用光了，敌人见抗联的枪声慢慢减弱，知道机会来了，都叫嚣着往上冲，眼看着就有全军覆没的危险。

这时，驻守在铁场的东北抗联通化支队和朝鲜义勇军的兄弟机动部队赶到，从敌人的背后猛攻。并有一个小分队用几乎全部牺牲的代价将弹药送了进来，里面的抗联战士顿时精神抖擞，补给了弹药之后，从里面向外面猛冲，敌人腹背受创，在民主联军猛烈夹击下终于溃败，除少数逃窜外，大部被歼，专署楼内楼外敌尸堆积满地，血污斑斑。

生死两个多小时，黎明时分援军全部赶到，在援助军的配合下，民主联军终于以较小的代价，共毙俘暴乱分子近四千人，保住了通化，保住了南满重地，避免了历史的反复和更大的流血。

暴乱核心头目原关东军第 125师团参谋长藤田实彦大佐见大势已去，便化装逃跑。

战斗结束后，抗联战士开始进行大搜查，坚决不放过一个暴乱分子。

第七天时，在日本商社的一栋社宅阁楼中，抗联战士发现了一个暗室，在里面发现了逃跑的藤田实彦，跟他一起的还有三十多名日本人。其中有的死士还身上绑着炸药向抗联战士冲过来，被战士击毙。这次战士们没有给他们任何辩解的机会，也没有给他们活的可能，直接用子弹将他们喂饱。唯独留下了藤田实彦的活口，五花大绑对他进行公审，让他向所有参观者和游人反反复复地承认罪行。

藤田实彦在面对中国人时，紧咬牙关，死不开口。可每见到日本人来参观，藤田实彦都会鞠躬谢罪：“真对不起了，真对不起了。”最后藤田实彦病死在通化医院，藤田实彦对日本人说对不起是由衷的，正是因为他在通化日本人中的威望和地位，以及他对形势的错估，最终导致暴乱失败后，在通化的所有日本人都遭了殃。

战地还有漏网人员，抗联战士对于漏网之死敌的搜查整整持续了两周，这种地毯式大搜捕让暴动策划者和主谋者无一漏网。