初，太宗在东宫，颇不好女色，寡近妇人。晚始婚取，惟纳故司空贾承之女为正妻太子妃，未闻有妾，且亦尟与有夫妻之事，惟一女二子，长女后封扶风长公主，长子即太子叶椮，次子为陈王叶栋。太宗践阼之后，圣体频不豫，数征名医，娄用金丹，虽或有间疗，竟不能根治。至于隆德十年冬，疾笃尤甚，太宗遂自以寿尽不久。而时太子椮年才十九，富于春秋，太宗颇虑其践阼之后，年少寡略，又无功业，难以制开国勋贵，于是甚忧之。至是，御史大夫与京兆尹既奏勋将子弟不法行迹，太宗以海内廓清，天下安泰，遂欲以此为机，惩翦勋将，遂密敕御史、京兆，潜搜罗诸将及其子弟罪状。
三月，诏罢河北道，征河北道督统武炎为司空。四月，御史大夫、京兆尹联名上其所搜察监探之诸将及其子弟不法罪行，条奏于太宗，太宗遂敕廷尉寺鞫问而案查其虚实，审判所涉诸将，不得有所曲党阿护。六月，廷尉审问其案，尽得其实事，奏上于太宗，且以所定罪状呈上，太宗览之，见其以诸将有功于草创，请轻其刑罚，遂大怒，召廷尉卿与诸司丞，责之曰：“诸将谅有功，其身与子弟所害之人，所夺之民，所掠之士，所杀之吏，复有何罪焉？！”于是廷尉寺诸臣大惊，叩首称死罪，太宗遂命其再拟罪罚，廷尉寺遂严峻刑惩，重上其奏，太宗于是以之班示天下，使有冤者重讼。是月，太宗稍不豫，俄而康。
七月，诏以司空、邯郸郡公武炎，前将军、天水郡公班尚，太仆、汉中郡公罗腾，扶风太守、武功侯郑诚，步兵校尉、新丰侯徐匡，少府、临洮侯马进，安定太守、安武侯王志，广阳太守、彭阳侯韩介等诸将，或身为奸恶，或贪赃枉法，或收受秽赂，或子孙横霸，前后秽迹，堆累砌积，恶行滔天，罪不可赦，犹以其有武功于草创建业之际，但免其官爵，赐其自尽，不涉子孙，并不多问。初，天下闻太宗治法诸将，皆以其莫不功勋卓著，必不至死，将如太尉薛镇（注：但以爵还宅），至是，闻悉赐自尽，于是率土震惊，莫不大愕。
八月，诏罢河西道，以太尉征河西道督统李芸。是月，吐谷浑寇掠河西，掳掠而去。九月，太宗幸南阳。十一月，太尉李芸乞骸骨，太宗不许，芸固请，太宗遂许其以公爵还第，犹加领金紫光禄上大夫，参朝议军政。
十二年正月，遣使巡行天下，劝课农桑。四月，诏免海内今年租赋税三一。七月，獒虏寇上谷，掳掠而去，边兵追击而破之。九月，太宗疾笃，不能进食，惟以米浆为继。诏大赦天下。十月，御史府承太宗密旨，诬奏：郎中令司马杨以贪贿脏污，惧遭法办，于是潜与左丞相、平北王柴宁相谋，欲乘万岁疾笃，阴图遘逆。太宗遂敕禁军拘捕柴宁、司马杨，使右丞相、廷尉、御史大夫审问其案。廷尉寺诸官吏承太宗密旨，捏造谋反伪证，于是案鞫得其罪。是月，诏以左丞相柴宁、郎中令司马杨谋反，夷其三族，昭告天下，海内有识之人，莫不冤而伤之。十一月，诏以右丞相卢承为左丞相，以左将军水忆为右丞相。
十三年正月，遣使巡行天下，劝课农桑。二月，太宗疾笃，至于呕血。初，李芸镇卫河西，三十余年，摧戎狄，平氐佯，西开金城，东伐龙英，又讨破鄯善，开辟西域，功勋盖世，朝野景仰，太宗甚忧之，数遣使阴寻芸罪愆，而芸素谦虚冲让，清心寡欲，于是太宗竟不能得其纤微过缪。是月，太宗敕李芸进宫，芸既至，太宗问芸曰：“李公近来其无烦事邪？”芸叩首对曰：“臣蒙陛下恩惠，赏赐每隆，未闻烦事。”太宗问曰：“朕观李公，须发斑白，岂半百之人宜然？”芸对曰：“臣今已七十一，须发自然斑白。”太宗阳惊曰：“噫！观李公精神矍铄，躯体健朗，殊不似古稀之岁也。朕无他事，惟忆李公耳，公可还。”李芸惊惧，叩首而退，既还，遂泣涕与其子曰：“陛下虽疾笃，必不至于昏聩，如何能以我年才半百邪？然陛下以我精神矍铄，躯体健朗，料其深意，盖惮驾崩之后，我危新主也。为妻子虑，今惟有舍此一身之计也。兔死则狗烹，鸟尽而弓藏，何其恨矣！”遂自裁于宅中，伪以病薨宣于外。太宗闻之，遂诏以王礼葬芸，赐丧仪备人臣之极。是月，太宗疾敕齐王叶绅自建邺还京师。
三月二日，太宗召太子叶椮、江东道督统齐王叶绅、左丞相卢承、右丞相水忆入宫，次第见之：
太宗使齐王绅先入，持其手语之曰：“为兄今大限将至，时日不多，汝既太祖爱子，朕之母弟，为皇家之亲亲，宗室之英俊，务当躬勉自励，昼夜思勤，以匡辅幼主，兴盛皇家。”齐王叩首许诺。又使左丞相卢承入，语曰：“卿为国家能臣，社稷贤相，材侔古人，名播寰宇，洎乎朕晏驾之后，会宜尽其心力，以佐新君。”卢承叩首许诺。又使右丞相水忆入，语曰：“朕与卿蚤逢东宫，结识幕府，相与转斗于南北，并力破贼于齐吴，此情岂能忘邪？今朕将往觐太祖，而嗣君沖幼，卿当以皇朝宿将，国家股肱，弼辅新主，昌盛大梁，鞠躬尽瘁，死而后已。”水忆叩首许诺。太宗又使太子入，抚而语之曰：“为君何其难矣！汝当朝乾夕惕，励精图治，毋堕乃祖乃父之业矣。”太子叩首许诺。太宗于是崩于万圣宫，时年五十一。
呜呼，太宗皇帝天资知勇，少年奋发，以储贰之尊，请阃外之寄，遂镇守南阳，抗逆彊齐，数距龙英于嚣张，娄摧伪将以神武。转斗山东，肃清江表，北枭姚衡于晋阳，南歼蓝纮乎建邺，勋劳之盛，谅冠于列将；功绩之卓，诚盖乎诸王。洎乎践阼奉纂，踵武遗业，北平辽碣，南臣岭表，总齐万里，宣风区夏。爰及寰宇廓清，神洲宁静，遂载戢干戈，南山放马，垂思文治，与民休息，于是率土康泰，四民安居，其文武功业，可谓一代之隆矣！然则至于暮年，虑太子之冲弱，忧身后之多虞，遂翦诛宿将，屠戮元勋，使天下以为奇冤旷古，老臣叹其兔死狗烹，虽情有苦衷，亦难以称善焉。