1857年（清文宗咸丰七年），关中伏旱，干热风持续，农作物逐渐枯槁，秦川终成赤地，夏秋两料庄稼几乎绝收。内有太平天国运动，外有英法联军入侵，清政府难以虑及北方旱灾，对陕西的税赋征收不减反增，关中遭遇清代以来最严重的饥荒，次年春季，饿死人在乡村普遍发生，村外的坟堆陡然增加。陕西省天道教总教黄得功送来消息，陕西有起事的条件。于是，魏宣武密令陕西各天道教准备起事。接着，魏宣武以陕甘豫总督名义向咸丰上折要调豫粮入陕赈济灾民，咸丰准了，送匾：“公忠体国”给魏宣武，魏宣武就调河南粮库五十万担粮食入陕，其实这些粮食到了陕西，大部分就被当地官吏层层贪墨，最后只有很少一部分到了百姓手中。这些官吏贪粮的证据早被解韬的咨议院掌握，黄得功利用这些证据发动一些入了天道教的小官或百姓向魏宣武告发，魏宣武就附上这些状子弹劾所有问题官员，咸丰一看，陕西大部分官员都被魏宣武弹劾，心下疑惑，但是又有凭据，只得让左副都御史肃顺复查并与吏部商办。刚到1857年7月，咸丰就急不可耐地要袁甲三催促魏宣武出兵江苏，与太平军作战。魏宣武一边先置办各种出征物资、汇聚兵力，一边让陕西天道教先在几个小县城举事，然后回奏咸丰，说陕西官吏贪墨救急粮，激起民变，有燎原之势，若现在豫军出兵江苏，恐豫陕空虚，将来陕局不可收拾。1856年9月，这天，咸丰正搂着懿贵妃叶赫那拉氏批阅奏折，看了魏宣武的折子，大怒，咸丰现在最头疼的就是民变，当即就批复着魏宣武将陕西巡抚王义刚革职拿问，交吏部议处，将榆林知府何鲲革职留任，陕西布政使司徒照着即革其职务，遣送新疆充当苦役，并勒限一年，将其余县以下官吏李应诏、李洵、郭廷椿、王迎科立即处斩，黄君任处绞监候，李应诰革职遣送新疆效力赎罪，路万太杖责一百，流放三千里，王弼和、邓用元等五十多人革职拿问，另调魏宣武率豫军入陕平乱。肃顺得知消息已是三天后了，忙入宫面陈：“陕西民变不大，本可凭陕军平定，魏宣武请调豫军入陕情实可疑，现将陕西巡抚、布政使等以下府、县多官俱行处置，恐给居心叵测之人以可乘之机。”咸丰大悟，忙下诏止豫军入陕，只调魏宣武带督标少数人马入陕，王义刚等各官均改为革职留任，统陕兵平乱，豫军仍需出兵江苏与太平军作战。

1857年9月7日，魏宣武拿到咸丰诏书，立即带着师部、师部直属部队和古大力部2个卒、教导营一路奔陕西西安而来，只用张云顶和少数师部人员、和一营护卫在开封留守。魏宣武让贾道远拿着圣旨带着罗兴的骑兵卒以最快的速度从开封先行，先按圣旨从巡抚开始逐一查办处理官员，自率大队急急跟进。待二日后，咸丰八百里加急到了开封，已找不到魏宣武了。魏宣武收到咸丰后发诏书时，已是1857年9月11日下午，魏宣武接诏后佯装大惊，忙派人去追贾道远，1857年9月12日晨，贾道远已奉旨拿下王义刚，将其余官员该处斩的处斩，该杖责的杖责，该流放的流放，到了晚间后边诏书到时，一切均已办完。魏宣武带着大队人马浩浩荡荡进了西安，立即命革职留任的王义刚将所有五道、七府五州官员召集到西安听旨，听侯发落，王义刚一天经历了革职拿问到革职留任，早已是惊弓之鸟，这时听说又有圣旨，不敢怠慢，忙召集所有三司、道、府官员到西安巡抚衙门议事。1857年9月16日，所有该到各官及长安县知县都到齐了，所请二镇总兵（陕西提督雷正绾、陕安镇总兵郝光甲、河州镇总兵曹克忠在外领兵与太平军作战）、五个副将也一个不落地来了，布政使司徒照虽瘸着腿，也早来了。摆上香案，贾道远高喊：“接圣旨！”所有人离座跪下，贾道远宣读圣旨，竟是因贪墨激起民变、怠政失察等罪将陕西文武各官一体拿下，解京议罪，汉中镇总兵官珠克登大叫：“自古未有不分皂白将一省官员尽行拿解的，还请魏大人将诏书赐我等一观！”一旁魏宣武把脸一沉，喝道“大胆，难不成这诏书还有假，王义刚快快接旨。”王义刚接旨不及细看，早被程兴甲、罗兴部下兵丁拿下，一百余兵丁一齐动手，所有官员束手就擒，接下来，两卒人马接收了抚标、县衙、西安绿营镇台衙门和兵营，将绿营兵全部缴械，满八旗大多跟西安将军福兴在省外打仗，剩下的都是老弱，因此很容易就被缴械，护卫卒、探子卒、骑兵卒、教导营控制了四门，辎重旅和炮兵旅开入了城中部置。

第二天，早已接到贾道远通知的黄得功，带教中精明强干之人二千人来见魏宣武。魏宣武逐一分派，从教导营中选人，每府太守（知州）一人、教士一人、提辖一人，六府五州共三十三人，带上盖有总督大印和巡抚大印的公文和伪造的吏部官凭，每府在黄得功带来的一百天道教徒护送下去上任，并知会各地天道教徒秘密聚集听令行事。榆林府因有榆林镇绿营兵，因此多带了一百名天道教徒，还拨了一营骑兵、一营炮兵、一营护卫，一营辎重运着粮草炮弹跟去。各府领命去了，魏宣武又按每个县县长一人、传教一人、统领一人拣选四十八人拿着盖有总督大印和巡抚大印的公文和官凭，在每县五十名天道教徒护送下到西安府下辖十四县一散州一散厅上任，当然，各县天道教徒已得到通知秘密聚集协助。最后，魏宣武让黄得功带着剩下的一百名教徒留在西安府协助贾道远打理府中事务、联络各地天道教徒。

十多天后，天道教已顺利控制西安府所有县、散州、散厅及所有陕西府级政权，正在控制下级政权当中。这当口，绥德州的米脂县出事了。米脂知县潘松和当地几个地主搞了个“烟筒捐”，名为聚财团练，实为中饱私囊，当地民众本已对他怨气就大，其中，李生荣因疑收捐有私，询问账目，被潘松打入大牢，结果县乡民聚众二千多人闹事，被潘松勾结几个大地主镇压，抓到几个天道教徒，其中一人供出天道教在某日聚集将有大动作，潘松大惊，一面派人报州里知道，一面召集乡勇和驻军，州里知州早已换成了天道教徒，正准备派人接收米脂肪县，接报，忙派当地天道教徒去做米脂接收，潘松觉得这当口换县令很奇怪，不肯，说情况紧急暂时不忙交接，并押出举报人作证，谁知举报人认出了来接收的人原是同乡村民，潘松立即把来人尽数拿下，闭门自守，一面密派人向省抚求援。魏宣武深知，这时期打仗，由于重型攻坚武器的缺乏，最难的就是攻坚，所幸南阳起兵时因为长期在各处团练，实际已控制当地军政力量，所以并未有大的战斗，取河南时，野战和天道教徒里应外合的突袭战居多，只有攻怀庆府时秦汉采取了强攻坚城的手段，当时用了千斤重型洋庄炮四门，还有几十门小型洋庄炮、劈山炮辅助，差点都没攻下府城，最后还是神射手马聚奎对怀庆知府那致命一击，才拿下怀庆府城，攻怀庆秦汉部伤亡二千多人，是所有战斗中伤亡最多的一次，所以此次取陕，魏宣武尽量智取，避免攻坚。现在，一座米脂小城居然要逼魏宣武攻坚。魏宣武与贾道远商议，先聚米脂天道教徒和百姓五千余人包围县城，然后用程兴甲带一队护卫兵和一百新降绿营兵，诈作省军前部，骗开城门，拿下潘松，夺了米脂。

等到1857年10月20日，当袁甲三派人到西安传达咸丰上谕要求魏宣武立即带全部兵马出河南进攻江苏时，魏宣武已基本控制了陕西全境，正在仿照河南对陕西七府五州进行改编，建立行政体系和地方屯垦部队，又从河南运了五十万担粮食接济百姓。对于袁甲三送来措辞强硬的上谕，魏宣武一笑，答复袁甲三，陕事已平，正在和王巡抚善后，11月回豫置办兵甲器械，准于年底全军开拔进攻江苏，只是军饷没有着落，立请军饷十万两。正在和那拉氏调笑的咸丰接报，心下十分不快，到处都要银子，朝廷府库早已空空如也，但为了让魏宣武早日出豫入苏与太平军斗个两败俱伤，咸丰还是咬咬牙，从卖官银子中抽出两万两给魏宣武，让他余款自筹，宽限于12月底出兵。

到了1857年11月下旬，捻军内部出现分裂，以张乐行为首的一派主张与太平天国联手抗清，以刘永敬为首的一派则主张回到皖北独自抗清。最终刘永敬以违背军纪的罪名被杀害，大部分捻军出走北归。张乐行仍带领捻军和太平军四处征战。袁甲三又一次腾出手来，有了实力，就要求进入河南做名副其实的河南巡抚。正当魏宣武与袁甲三讨价还价之时，1857年12月28日，英法联军炮轰广州，登陆攻城，广州失陷，随后，英法联军北上，清廷忙调穆腾阿、伊兴额、那图领兵回天津防御，袁甲三兵力不足，不敢轻动，咸丰也无暇顾及魏宣武的河南兵，魏宣武乐得有此空档大力经营陕西。1858年2月，陕西各地政教机构建成，调贾臻为陕西刺史，以黄得功为陕西总教，地方屯垦部队建成，野战部队第二师成立，魏宣武以古大力为第二师帅，关保为第一师帅，成立军部，自兼军帅，以贾道远为军主教，秦汉为副军帅，又令任柱成立军直属骑兵旅，杨顶天组建军直属辎重师，程兴甲组建军直属护卫旅，辛向文组建军直属炮兵师，李良组建探子旅，至此，整个陕西几乎没放几枪就落入魏宣武手中。