虽然古人类占领了很多先行者星球，不过人类为对付虫族牺牲巨大，击退了虫族之后，古人类已经消耗殆尽，同时先驱的科技也并非能在短时间就大幅度的加以利用。于是在雷诺大将军的指挥下，人类被迫回撤到查姆·哈克星球。他们使用先驱的科技和防卫要塞抵抗强大的先行者星际舰队。他们的路线被切断后，古人类继续抵抗了59年。公元前109，000年左右，在绝对的优势面前，尚未能完全消化先驱科技的人类被击败，无数的古人类和先知不愿被俘而自杀。不过先行者这边也损失巨大，在先驱无可匹敌的科技力量面前，宣教士的后代亦全部阵亡。

战后，先行者最终放弃灭绝战败的人类，认为会违反衣钵的意义。宣教士和他的普罗米修斯战团在后来的政治斗争中处于被动，由于处在和平环境下，加之激进的思想，他们最终被迫退出议会，宣教士和他的战团代表的整个先行者武侍者阶级在随后的数千年中被边缘化，舰队解散，先行者军事实力削弱，这使得他们在后来的虫族再次入侵时措手不及。宣教士也自我放逐，休眠于存放在地球的战士牢笼（Cryptum）之中。先行者将人类和先知的基因退化，回到没有科技文明前的原始时代重新进化，并且处决了很多挑起冲突的古人类。先行者开始称霸银河系。

先行者——虫族战争

银河系中已经无法寻找到任何先驱，而他们下达的灭绝先行者的命令开始由虫族执行，为了对虫族再次入侵银河系做好最坏的打算，先行者的首脑——大架构师（Master Builder Faber）在公元前101，000年下令建造环带阵列。他在大方舟（Greater Ark）建造了12个直径3万公里的大环带，用作对付虫族的终极手段，而同时在小方舟【Ark（Installation 00）】秘密建造了6个直径1万公里的全面升级的小环带。两个方舟以及大量的的护盾世界(Shield World)用以保护银河系物种的样本在环带发射时免遭灭绝。智库长带领着造物者阶级（Lifeworker）进行采集和索引银河系物种并送往方舟的工作，但工程量巨大，彻底完成需要大量时间。

虫族在公元前100，300年再次出现在银河系，开始了与先行者持续三百年的战争。先行者尝试所有方法，也未能击退虫族，一直处于劣势。同时，虫族逐渐掌握智慧生物们的科技，实力高速膨胀。

公元前100，043年，先行者大架构师授权军事人工智能偏见之僧（Mendit Bias/MB）在查姆·哈克星球附近测试发射07号大环带。攻击穿透了星球上所有的先驱建筑，并释放出人类存放在这里的上古尸脑兽。偏见之僧随后将它带到07号大环带研究，并与07号环带一同消失了43年。在这段时间内，由先驱转换而成的上古尸脑兽与偏见之僧进行了交谈，先驱传达的思想几乎是难以抗拒的，以至于偏见之僧最后也不得不被强大的上古尸脑兽诉说的故事和真相说服：相信银河系的未来属于虫族，先行者自作主张接手“衣钵”的举动让银河系陷于永恒的停滞，只有毁灭先行者才能让银河系的物种继续进化。