秦历十五年，赵高见到时机成熟，于咸阳宫内发动政变欲谋害二世皇帝。但，二世皇帝早已在登基之前便得到了始皇帝的密令要秦二世在其完成骊山大阵之后就处死赵高，故而秦二世知晓赵高乃是六国余孽并暗中一直与六国贵族有着联系。

只是，秦二世与始皇帝相比，对于一直在暗中败坏大秦与始皇帝名声的六国贵族一直十分深恶痛绝，但当时朝廷中多有来自六国的朝臣，为了稳定朝局始皇帝也只得将六国贵族迁至咸阳监视起来，而未对其赶尽杀绝。如今，始皇帝御龙西去，秦二世大权在握，却又要着手应对即将开始反秦乱局，唯恐六国贵族趁着动荡之际嗅到风声逃出咸阳，于是秦二世没有遵从始皇帝的密旨，而是留了赵高一命，准备用他暂时稳住六国贵族等待合适时间将之一网打尽。

是以，当赵高暗中组织六国贵族组织六国贵族打算在咸阳城中反动暴乱，擒杀赢氏皇族之际，秦二世先发制人，以迅雷不及掩耳之势将汇聚一堂的叛贼尽数擒杀，并将潜伏于朝堂之中的六国叛逆也一网打尽。

（赵高一直与暗中培植着自己的势力，并利用手中权力招揽那些精于鬼道又对大秦身怀不满的修士，建立起冥府。并利用冥府的力量招纳死于长平之战的赵国军士的亡魂将之炼化成一支为数数万的阴尸大军。

在反动咸阳城叛乱时，这支阴尸大军一度令得秦军伤亡惨重。幸而，秦二世得到来自酆都仙府的鬼氏一族的襄助，才将阴尸大军镇压，平定了叛乱。

酆都仙府修得也是鬼修一脉，早在始皇帝幼年时便受到天命感召而投效到了始皇帝的麾下，为其效力。在始皇帝登基称帝之后，酆都仙府被册封为护国府，世代享受皇家供奉。而鬼氏一族也宣誓从此世世代代为赢氏一族效力，护佑赢氏一族江山永固、社稷永享。

尽管叛乱失败，但赵高凭借着其一身深厚修为还是从鬼氏一族与秦军的围剿下逃出生天。）

在镇压平定了咸阳城叛乱之后，秦二世命人对外宣布他的死讯并秘密征调其兄赢扶苏率军回防咸阳。同时，利用从叛贼处获取的传讯手段向各地的叛乱势力发出秦皇归天、咸阳城大乱的假消息。

秦历十六年，被假消息误导的项羽率大军杀到了咸阳城外，兵锋直指秦二世。却不料他甫一来到咸阳城外便遭到了早已埋伏在城外的赢扶苏与蒙家军的伏击。在咸阳城中蓄势待发的禁卫军也从城中杀出，对项羽进行围剿。

最终，数十万的张楚大军在秦军的围剿下死伤惨重，只有余下十万人马随着项羽突围逃出。秦二世命蒙恬率领二十万大军追捕绞杀，又任命其兄为平乱大元帅，开始平定各路反贼叛军。

秦历十七年，四月，项羽与其麾下张楚大军被蒙恬尽数歼灭。项羽感到大势已去，于绝望之中挥刀自刎。同年，七月，匈奴冒顿单于杀父自立。

（赵高以鬼道秘术为项羽招魂，随后逃出大秦，潜入漠北，将项羽之魂借着冒顿单于的肉身再世为人，意图借助匈奴人向大秦展开报复。）

秦历二十年，三月，在赢扶苏的征讨，各路叛军不是被投降便是被剿灭。秦初叛乱基本平定，但尚有部分六国余孽逃窜至南越地区，负隅顽抗。

虽然这场历时八年的战争大大损耗了大秦的国力，令得周边不少小国部落露出不轨之心，但每每有侵犯之举便会收到戍边的秦军予以痛击，难以占到丝毫便宜。同时，得益于中央集权制度的建立，使得国家资源得以更有效地调配和利用，可以更加专注于内政建设，国力因此得到了迅速的恢复和增强。

同年，七月，秦国将领赵佗奉命率十五万大军征讨南越。