菲利普二世并没有从西班牙本土派出无敌舰队赶到遥远的东方，而是从新西班牙总督区墨西哥、西印度群岛、中美地区、莫桑比克总督区、果阿总督区抽调兵力、舰队前往菲律宾马尼拉集结。

陈瀚的强势崛起，在南洋大肆扩张，严重威胁到西班牙王国及附属葡萄牙王国的海外殖民地。西班牙马尼拉殖民当局及马六甲殖民当局不得不采取稳住东方形势，等待国王菲利普二世派出大军赶来一举征服明朝。

1591年，两广总督刘继文萧彦还未上任提出驱虎吞狼联合澳门的葡萄牙人对付丰臣秀吉，大明皇帝朱翊钧批示着如议行命朝廷重臣商议。

丰臣秀吉也在拉拢长崎的葡萄牙人作为外援，企图联合葡萄牙人进攻明朝。无利不起早的葡萄牙人同时与明朝、日本有生意往来，不愿与任何一方为敌，明朝与日本拉拢葡萄牙人作为外援都也失败告终。

菲律宾总督达斯麻雷那斯还派使者前往日本大坂城联合丰臣秀吉，双方商议决定分别从南北两面进攻明朝，丰臣秀吉迫不及待发动侵朝战争，企图抢先占据明朝，菲律宾马尼拉殖民当局不过是利用丰臣秀吉拖住明军。

菲利普二世接到菲律宾总督达斯麻雷那斯送来的汇报，日本统治者丰臣秀吉准备进攻明朝，丰臣秀吉出动三十万大军率先进攻朝鲜，随后进攻明朝。

1592年8月，菲利普二世下令调集西班牙王国附属葡萄牙王国莫桑比克、果阿、马六甲军队一万五千人，又从新西班牙总督辖区抽调一万远征军横渡太平洋赶赴新西班牙总督管辖的菲律宾都督府，预计在圣诞节前抵达马尼拉。

菲利普二世按照马德里会议制定的征服明朝计划略作修改增加兵力，又增派一万大军。菲利普二世调集两万五千大军从游击将军府印度洋、太平洋渡海赶往马尼拉城。

接连不断有来自两洋殖民地的大军赶来云集马尼拉，包括西班牙陆军一万人包括意大利及葡萄牙土兵，莫桑比克奴隶两千人，果阿仆从军一千人，招募的日本浪人近千人。

新西班牙总督区也派出一万大军，菲律宾总督达斯麻雷那斯也在忙着征集一万菲律宾土着士兵，还征集三千余汉人军队。

菲律宾总督达斯麻雷那斯任海陆军最高指挥官，西班牙海军由六十八艘战船及八十三艘武装商船组成，由西加斯的加任海军指挥官。菲律宾总督达斯马里尼亚亲自指挥陆军。

西班牙王国为远征明朝下令在马尼拉城建立了军械厂，就地取材生产huya，同时向明朝商人购取硝石及黄铜制造qiang炮。在菲律宾建立充足的粮食补给。又从新西班牙总督区购买带来大量尼绒为士兵成制大衣，并为伤兵淮备军毯。

如同丰臣秀吉制定征伐朝鲜进攻明朝的详细军事计划一样，西班牙征服明朝还制定殖民政策和宗教传播计划。宣传以战士封爵制度鼓励西班牙人参与征服事业，以及在明朝的传教士使之为向导传教。

西班牙王国还征集大批玻璃器皿、念珠、织绣、地球仪、葡萄酒等新奇事物，以换取明朝各级官吏及人民的好感及亲善，缓冲明朝人的敌意。