马士英原本手中兵马不少的，但是被卢九德阴了一招，几乎半数精锐都被朱慈烺吞并了，他还不敢问对方要回来，更不敢有一丝抱怨，根本就是“哑巴吃黄连，有苦说不出”。

当然，和他一样遭遇的，还有刘泽清。马化豹最终趁乱逃往河南了，这让他受人以话柄，只能夹着尾巴做人，眼睁睁地看着自己手中最精锐的千余兵马被朱慈烺带走了。

同时，实力在四镇中最为强悍的高杰所部驻扎在凤阳府东北的州县，以及徐州府，刘泽清还是被分配在了淮安府，两人结成了抵御来自山东之敌的防线。巡抚淮扬的路振飞统制两人，同样带着他的巡抚标兵营协助防守。

而扬州府，镇江府，应天府则成了朱慈烺麾下大军的驻防地，这一次，高杰也不敢再来抢夺扬州了，这可是皇太子的地盘，除非他是想要另外三镇和马士英，路振飞两个大人升官快点，怀着大无畏的精神，主动献出自己的生命和兵马。

朱慈烺也顺势安排了麾下兵马的部署和训练，并把之前封给他们的官职和部队的最终编制给落实了。

这个时期明军的军队编制十分混乱，各地方将领的个人喜好在其中又发挥着相当大的作用，使得各支军队的编制差异巨大，相互之间的配合作战更加困难。

不过，他们大多都参考了戚继光当初在北方的练兵方略，甚至就是战场军阵的布置，也在很多方面可以看到当年北方戚家军的影子，这也让同样使用戚继光练兵之法的朱慈烺省事了许多。

而朱慈烺的军制调整其实也谈不上什么大改，就是借着训练新兵的机会，将两万纤夫和收拢吞并而来的近五千兵马重新打散重整，各营兵马按照编制补充完整，形成基本标准，以期充分发挥大军的最佳战斗力。

按照朱慈烺的设想，最核心的主力野战军主要分成了战兵营，骑兵营，混编营三种类型。

战兵营以步卒战兵为主，火枪，长枪，刀盾为主要武器，并配备虎蹲炮，四磅炮等轻型火炮，组成炮队，满编人数在两千七百人左右。

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虎蹲炮是大明工匠就有能力生产的，四磅炮或许还需要等到汤若望从澳门把工匠带回来，但朱慈烺这个编制原本就是为了将来很长一段时期设立的，所以如今早做准备也没有错。

骑兵营则是弓弩，长枪刀斧为主要武器，并配备有重量较轻，发射霰弹的虎蹲炮，满编人数同样在两千七百人左右。

朱慈烺还计划给一部分骑兵营配上短铳，但现在火器工坊的生产力还远没跟上，这个计划目前和四磅炮一样，还停留在了设想阶段。

而且，以朱慈烺目前拥有的战马，他现在最多凑出一个独立的战兵营来。

至于混编营，则是在一个战兵营的基础上加上两个千总，一千四百余骑兵，以及一个上百人的炮队，使得其具有综合攻击能力，可以脱离主力兵团单独执行作战任务，总兵力接近武器人。

除此之外，按照朱慈烺的计划，他的部队还要有水兵营，车营，辎重运输营等，这些都是主战部队之外的兵种补充，在大战中或许不显眼，但都是不可或缺的存在，否则战兵，火枪兵，骑兵的威力都难以发挥。

其中，水兵营朱慈烺目前还没有头绪，南京水营他是不信的，那些船可以用，但是人就算了，他打算拉拢郑成功之后，再把这个明末海战第一强者用上。到时候打造一支所向披靡的水师，绝对不成问题。

对于大军整编而言，其实现在最严重的还是相对应的火器配备问题，虽然南京府库里还有不少刀枪，但是火炮火枪都不堪一用，无论是大型火炮，还是将来配备到各营的中小型火炮，还是得朱慈烺想办法生产，而数以万计的火枪需求，更是让他头疼不已。

不过，这种事也急不来，朱慈烺还得协调各部，从广东，福建招揽工匠，还要等汤若望启程，前往澳门。

而他当下首要解决的，还是官制问题，那个时候崇祯封的官都太高了，只是唬人用的，实际上那么用，今后立了功，就没法再加封了。

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于是乎，朱慈烺私底下又给他们重新设立了一套符合实际的官职，同时也是为了确立自己对这支军队的绝对领导权。

他们是皇太子的兵，不是皇帝的兵，这是朱慈烺要明确告诉手下每一个将领的。若是谁敢逾越了这一条，那可别怪他不念情份，痛下杀手了。