1998年6月1日生化危机世界生成。

1998年8月13日，艾萨克博士因为和威廉争夺G病毒意见产生分歧，开始提前执行人类清洗计划，派遣史宾斯·帕克斯潜入蜂巢打碎T病毒样本，人类清洗计划开始。T病毒泄露杀死了蜂巢所有的研究员，但是威廉在听到警报时候第一时间拉着妻子安妮特·柏金进入封闭隔离实验室，因此幸免于难。红后检测到病毒泄露，封闭所有的研究所出口。

1998年8月13日晚间艾萨克派遣第一批U.S.S.部队，从郊外洋馆进入蜂巢，意图取出红后的主板，并带回T病毒的研究数据和病毒样本。同时命令汉克带领的第二小队在第一小队任务完成后从下水道进入蜂巢，夺取G病毒资料和样本。

1998年8月14日凌晨，U.S.S.第一小队全灭，只剩爱丽丝和被T病毒感染的马特·艾迪森逃出蜂巢。被洋馆外面等待许久的安布雷拉安保力量控制，并转移到浣熊市医院里继续研究，爱丽丝被注入T病毒以观测试。马特·艾迪森被改造成追踪者复仇女神。同时第二小队从下水道进入已经被关闭了红后的蜂巢。

1998年8月21日第二小队仅剩汉克一个人，带着G病毒样本和研究资料成功撤出蜂巢。在此次行动中，汉克小队为了争夺G病毒杀死了威廉铂金，但是没想到威廉临死前为自己注射了G病毒导致变异，变异的威廉杀死了除汉克外所有的第二小队成员，只剩汉克一人艰难躲避许久后才找到机会重返地面。

1998年8月23日，因为病毒泄露，洋馆外的阿克雷森林开始频繁出现变异怪物袭击人的事件，S.T.A.R.S.的Bravo小队奉命前去调查，结果失联。

1998年8月24日，S.T.A.R.S.的Alpha小队出发去寻找Bravo小队，在一路遭遇到各种怪物袭击后，在傍晚时刻来到了郊区的洋馆。在一顿探索查询后，吉尔和克里斯最终发现这座恐怖洋馆怪物袭击人背后实际上全是安布雷拉公司非法实验搞的鬼，为了测试这些新型生化武器的实战数据，威斯克计划将2个小队全集中在这里以便测试。幸好在经过Bravo小队的调查中，他们得知了有内奸在S.T.A.R.S.中，最终威斯克暴露，被S.T.A.R.S.成员合力杀死，并且干掉了从实验室逃出来的初代生化暴君。由于之前汉克带出来的病毒样本，威斯克提前注射了病毒让他活下来，并且后续缓慢的获得了超人般的力量。

紧接在洋馆事件怪物袭击事件之后，STARS剩余成员回到浣熊市请求官方对安布雷拉公司展开调查，但遭到警察局长艾隆斯拒绝。在和局长艾隆斯大吵了一番后，艾隆斯解散了STARS。于是克里斯，吉尔，瑞贝卡决定脱离STARS自行调查收集安布雷拉罪证。克里斯前往欧洲调查，瑞贝卡·查姆博斯则和吉尔留在浣熊市继续调查。

1998年9月中旬，因为T病毒泄露污染水源大部分市民遭到感染，导致越来越多的变异市民变成丧尸，浣熊市爆发丧尸危机。在这个过程中，吉尔和瑞贝卡也开始了东躲西藏的逃亡之路。在这个过程中由于浣熊市警察局局长艾隆斯长期收到安布雷拉的贿赂，为了方便更好的测试生化武器性能，安布雷拉指使艾隆斯破坏了警局的大部分通讯系统，重新调配了警察局里的武器资源，这一行为也导致了警员们在对抗生化怪物中缺少及时的情报和足够的装备补给纷纷牺牲。雷蒙德·道格拉斯副局长更是在一次疏散群众，并带领几个警察在浣熊市主干道实施“清扫行动”中不幸殉职牺牲。浣熊市警备力量逐渐走向灭亡。