九月初，刘裕离开郑城，以征服者的姿态前往长安，得到消息的王镇恶立即赶往灞上，迎接最高统帅的到来。

一到长安，刘裕便下令投降的姚氏皇族全部斩首，禪山大惊失色，急进帐劝戒“将军以统一天下为己任，杀降不详，不利于收服民心。”刘裕眼光直盯着禪山，“留着他们日后反我，我华夏百姓的心才是民心，他们是夺我中华的贼，杀贼不是杀民。”禪山还想再劝，王镇恶在身后拉了拉他的衣服。刘裕传令：“后秦平原公姚璞投降，杀！蒲坂守将，并州刺史尹昭投降，杀！前后秦军总司令，东平公姚赞率姚家皇室宗亲一百余人投降，统统杀！”

长安城内一片血海，人头滚滚，哀声一片。那些谱系疏远的姚秦宗室幸运一点儿，可以保住一命，但也全部被强制迁往南方接受监管。

原先因为后秦灭亡，就已经人心惶惶的羌人民众，此时出于恐惧，纷纷离开已经生活了几十年的土地，形成浩浩荡荡十几万人的难民潮，向陇西方向大逃亡。

北魏那边，崔浩献计招降后秦将领，收得民心以图将来。后秦将领姚成都、姚和都等人则逃入北魏，被长孙嵩收留。原晋国旧臣如司马休之父子、司马国璠、鲁轨、韩延之等被拓跋嗣当作贵宾收留重用。魏主还专门下令：凡能够救出姚姓宗族，并将他们送往平城一概重赏。逃亡的羌人听说后纷纷投靠北魏。古代地广人稀，人囗基数就代表着硬实力，刘裕开疆拓土的同时，北魏也收获了许多人才与近百万、人口。

后秦国库中积存的大量金帛珠宝，被刘裕全部拿出来，赏赐给了参与北伐的全体将士，那些追随刘大哥打天下的北府老兵们人人都发财了。不过在刘裕之前，后秦的国库实际上已经被王镇恶光顾过了，他更改账目，明偷暗抢，狠狠地发了一笔大财。有人向刘裕告密说王镇恶私藏了姚泓的御用辇车，居心叵测。刘裕派人暗察，发现王镇恶只是把辇车上的装饰剥个干净，而将那辆“裸车”扔进城角的垃圾堆了，王镇恶原来就不是个廉洁的人，但这次“剥车行动”仍显得有些过于做作，很容易让人联想起秦朝大将王翦，率大军出征楚国时，竭力向秦王嬴政表现出对钱财的贪婪以示自己胸无大志。综合来看，王镇恶这次偷盗后秦国库的真正动机，恐怕还是贪财与避嫌兼而有之。听了这个报告，刘裕不禁哑然失笑，看来这小子只是爱财，就不再过问此事。

谢晦暗中向刘裕进言：“王镇恶与禪山暗中收买人心，不经请示即向借粮百姓许诺双倍给粮给地给财，虽事出有因，但不可不防。禪山今日为姚氏求情，谁能说得清是否有收买人心的成份在里面？”

多件事凑在一起，刘裕心中也有些疑虑，两人的个性太突出了。特别是王镇恶，在作战中多次在刘裕指示之外提出自己的作战计划，屡次获重大成功又曾多次违反刘裕的指令，如在讨伐司马休之时纵兵掳掠、这种不听招呼的个性显然不是什么好事。刘裕嘴上不说，心里却有了想法。

后秦建国以来收集的各种国宝，如彝器、浑天仪、土圭、记里鼓车、指南车等，都作为战利品，被送往建康。

又一个皇帝被擒在建康城中处死，众情汹汹，可姚泓临死的表现比几年前另一个被处死的皇帝慕容超差得远了，痛哭泪涕，失魂落魄的，帝王的尊严荡然无存。