在义和团之前，有回族义军领袖杜文秀（1823—1872），他是清咸丰、同治年间云南回民起义领袖。咸丰六年（1856），官府支持临安（今建水）汉绅霸占回民银矿，屠杀回民。云南巡抚亦密令各地“聚团杀回”，遂于蒙化（今巍山）起兵，旋即攻下大理府，各地回、汉、彝、哈尼、白、傣、纳西等各族人民纷纷响应，烽烟遍及云南。同年10月，杜文秀被推举为“总统兵马大元帅”，建立起大理革命政权，开始长达10余年的革命斗争。同治十一年（1872），杜文秀英勇就义。杜文秀是一位深明大义的杰出农民起义领袖。他不仅在政治、军事方面表现出了卓越的才能，而且在民族与宗教问题上，表现出前无古人的宽阔胸怀。直到今天，他仍为云南回、汉、白等族人民所敬仰和怀念，人们称之为“杜大元帅”。

杜文秀府就是当今的大理博物馆，即“总统兵马大元帅府”。杜文秀还撰写了楹联悬挂于大殿“天生英雄扭转中原世界；地出豪杰戳破胡儿乾坤“帅府四周筑有高墙，设城垛，皆砖石砌就，建筑格式仿皇城，故俗称“紫禁城“。

在“扶清灭洋”的浪潮中，杜大元帅戴着文丑巾的帽子，配着清朝的白底龙袍，腰间配着丝绦，围着玉带，显得有些不伦不类。一些人不喜欢杜文秀，和大理段氏正统国王相比，称他为“叛军”，人们说，这是云南当了十八年苏丹国，经过汉满白纳西彝傣各民族十八年才平定的叛乱。

杜大元帅是西部“陕甘回乱”的一小部分。陕甘回乱平定以后，左宗棠给朝廷上疏《复陈拟办事宜并办理营务城防各员请奖折》，列具有功人员请求奖励。其中一段，是对陕西、甘肃回乱不同性质的总结和评价：“甘肃一省，变乱十馀年，被祸惨烈，甲于天下。所以然者，回变与发逆、捻逆不同，而甘回与陕回起衅缘由又异，当时办法未能苦心分明，遂致纷纭日甚，不可收拾也。陕回之祸，由于汉、回构怨已久，起衅之故，实由汉民，而匪回乘机构变，并敢戕害团防大臣，据地阻兵，法难曲贷。……甘回虽不如陕回之悍，然人数较多。自乾隆年间新教潜入内地，久怀不轨，诡谋秘计，在入室操戈，居心图谋不轨，与国为仇，横亘北数省，无所畏忌，是法所必诛，时不可缓者也”。

这段文字里面有两个要点：1，陕西回乱，是因为汉民和回民积怨太深，但最早挑衅滋事的，是汉民。汉回矛盾被回民中的不良之徒利用，乘机发动暴乱。2，甘肃回民人数众多，从乾隆年间起，新教（苏菲派）进入甘肃，一直蓄意不轨，阴谋分裂，与国家为敌，必须严厉打击。近年来，不同身份的人都在断章取义的引用左宗棠这段话，为他们的历史洗地。但看完整段文字，左宗棠并没有为哪个人群辩护，陕西回乱是汉回矛盾，甘肃回乱是分裂国家行为，性质虽然不同，结果是一样的。回乱爆发后，陕西回民迅速西迁，与甘肃回民合流，融入到分裂国家的大暴乱中。

这个时候，陕西回民和甘肃回民有区别吗？甘肃是陕甘回乱最大的受害者。1862年的甘肃，行政区域包括今天甘肃、宁海、青海三省区，包括今天内蒙古巴彦绰尔以西地区，包括今天XJ哈密、吐鲁番和天山以北地区。同治回乱以前，在这片广大的土地上生活着1945.9万各族人民，到同治回乱结束，死亡人口1450万，仅存人口495.5万，人口损失74.5%。